目前，制药行业所排污水是废水处理的重点工作。不仅因为其巨大的排放量，而且因为医药废水的组成相对复杂，污水中存在大量的细菌、病毒、较难溶解的有机物等有害物质，所以说制药企业的废水治理工作难度相当大。如果制药企业的废水不进行治理，任由其排放到环境中，这对生态环境的破坏力是非常大的，不仅会使水源受到污染，而且会导致疾病的传播，甚至会直接危害人们的身体健康。
二、药厂传统意义上的废水处理技术
(1)混凝沉淀法
目前，混凝沉淀法为物化废水处理中主要的而方法之一。这种方法主要通过有效的对废水中的生物进行降解，来实现减少废水中污染物的含量的效果，达到污水处理的目的。大量的化学污泥产生是这种处理方法的主要弊端，但是对盐、氨、氮含量的高去除率是混凝沉淀法的大的优点。
(2)浮选法
其次是浮选法，浮选法也称为气浮法，在实际应用中主要的处理方式有电解气浮法、散气气浮法和溶气气浮法这三种。首先通过化学方法使水中产生大量的微气泡，其次使废水中浓度相似的污染物粘附在一起而浮至水面上，后使废水中的固液实现有效的分离，从而从根本上降低水中污染物的含量。
(3)膜分离法
膜分离法的主要工具是膜，通过膜来对溶剂进行分离，此种方法不仅对多酚类制药废水进行乙醇回收时具有很明显的效果，而且可以对多酚类混合物进行有效的截留。
(4)厌氧生物处理方法
厌氧生物处理法主要针对厌氧生物的处理为主，适宜对高浓度的有机制药废水进行处理。主要的操作方法分为上流式厌氧污泥床法、水解升流式污泥床法和厌氧折流板反应器法。在单独使用此种方法时，为了达到更好的效果，还需要后续对好氧生物进行再处理。
上流式厌氧污泥床法对制药废水进行处理时由于结构相对简单，而且水力停留时间较短，多以不需要额外设置进行污泥回流装置的设备。但是这种方法对管理技术水平要求过高，而且需要过长的驯化时间，一旦相关要求不满足，直接影响到出水水质的稳定性。技术人员通过对上流式厌氧污泥床法进行改进，产生了水解升流式污泥床法，这种方法主要把无法降解的大分子有机污染物降解为小分子有机污染物，不仅有较高的生化性能，而且觉有较快的反应速度，同时对处理环境要求降低，不需要较大的反应池就可进行，反应过程中产生污泥量较小，减少了密闭、搅拌和分离器等环节，造价成本大幅降低。而厌氧折流板反应器法非常适用于制药废水处理，其简单的结构对污泥具有非常好的截留能力，无论对于高浓度废水还是有毒、难降解的废水等都具有非常好的效果。
(5)好氧生物处理技术
好氧生物处理技术主要可分为普通活性污泥法、序批式间歇活性污泥法和深井曝气法这三种方式。目前，普通活性污泥法技术相对成熟，在制药厂污水处理中应用的较为广泛。但在运用此种方法时需要对制药废水进行大量稀释，直接导致废水中产生大量气泡，较高的污泥膨胀率直接影响了去污效果。而序批式间歇活性污泥法具有结构简单、经济效益好、对水质进行均化以及不存在污泥回流等众多优点，所以对于间歇性排放及水质波动较大的制药废水进行处理时会此方法。但是由于大量污泥产生，对这些污泥沉降需要较长时间。深井曝气法简直就是一个高速活性污泥处理系统。与普通活性污泥处理方式相比，深井曝气法具有氧利用率高、深井中溶解氧效果好、污泥负荷速率高、占地面积小、投资少、运转费用低、效率高等众多特点，它的充氧能力相当于普通曝气的10倍，COD的平均去除率可达到70%以上。除此之外，此方法还有不存在污泥膨胀问题、保温效果好的特点，可保证北方地区冬天处理废水获得较好的效果。其主要缺点是部分深井可能出现渗漏现象，且在深井施工难度较大，基建费用也相对较高。
(6)电解法
电解法就是制药污水在电流作用下发生化学反应从而达到污水处理效果的方法。与其他方法相比，电解法具有效率高、操作简便、脱色效果好等众多优点。
(7)Fenton试剂法
Fenton试剂即亚铁盐与H2O2的组合试剂，这种试剂的使用能够有效去除传统废水处理技术无法去除的难降解有机物。
(8)Fe―C处理法
Fe―C处理法也叫作铁碳(炭)微电解技术，主要用铁屑、碳作为原电池。综合运用集氧化还原、絮凝吸附、络合以及电沉积等方法进行污水处理的技术。该方法不仅可以去除部分难降解物质，还可以改变部分有机物的内部结构，从而提高制药废水的可生化性，有效减少制药废中磷的含量。
三、制药厂废水新型处理方法
近年来，科研人员进行一系列制药废水新型处理方法的研究，主要成果有微波处理法，超声波处理法等。
(1)微波处理法与活性炭吸附法结合
通常我们把波长在1nm～1m的特殊电磁波叫作微波，单独运用微波可以达到一定的废水处理效果，但是效果不是十分理想。活性炭吸附法，是废水处理的常用方法，但是吸附后活性炭表面附着的机物却很难处理，研究中发现微波处理可以有效的解吸活性炭表面的附着物，可以把两种方法结合，使活性炭吸附再生，以达到重复利用充分处理的目的。
(2)超声波处理法
超声波水处理技术的核心主要在于超声波通过·OH自由基氧化、气泡内燃烧分解以及超临界水体氧化三种方式进行。近年来，随着微波处理技术理论的逐渐成熟，人们逐渐将注意力集中在将微波、超声波技术应用于水处理领域，特别是超声波与生物接触氧化法的组合工艺，对高浓度有机废水的净化处理具有显著的效果。
