从健康角度来说，就是转基因的大豆油是否含有对人类有害的成分。对于食用油，我们知道其主要成分是甘油三脂，而转基因大豆所转移的基因的作用就是让植物产生更多EPSPS酶，和植物油脂的成分没有关系，所以大豆油的主题成分和是否是转基因植物生产出来的无关，关键是是否有些微量成为混杂在其中从而影响人的安全。这些有害的成分被猜想可能来自以下几个方面。第一是所转的基因片断进入人体，影响人类的基因。第二是过多的EPSPS合成酶进入人体，从而以影响人类的健康。第三是所转基因可能会有人类所不知的功能，是植物能合成一些对人类健康有害的物质，并随大豆油进入人体造成影响。第四是作物可能会被施以过多的草甘膦除草剂，这些除草剂可能随大豆油进入人体，影响人体的健康。
对于影响人类的基因，这点可以说是完全不存在的。道理不难理解，如果所转的基因片断能影响人类的基因，那么食物的常规基因也就同样能影响，而对于人类来说，二者都是来自人体之外的外来基因，没有区别的。从人的生理角度来说，人只能吸收小分子，基因是位于DNA上的，DNA是大分子，在消化道中会被分解成小分子的核苷酸。而DNA上所记载的遗传信息的不同只是核苷酸的排列顺序不同，如果被消化成了独立的核苷酸，也就不存在排列顺序了，不存在任何遗传信息，也就不再是基因了。EPSPS酶是一种蛋白质，蛋白质也是大分子，经过消化会变成氨基酸，酶也就不存在了。对于这个转过的基因是不是有别的人们不知道的功能，这个忧虑也许是有可能存在的，但是如果有也微乎其微。所转的只是功能比较单一的基因片断，人们对其功能比较了解，相反用传统方法培养的新品种反而人类更难预料其效果。同时，现有的检测手段尚未发现转基因大豆油中含有对人体有害的成分，转基因大豆油也已经被使用了相当一段时间，也尚未发现因此导致人健康问题的实例。对于残留除草剂的问题，首先并非是只有转基因作物才用除草剂，而对于食品残留除草剂等问题，是按照有关食品安全法规进行检测的，这点可以不拥忧虑。
从生态角度来说，首先，没必要产生对抗草甘膦大豆成为超级杂草的忧虑，因为大豆只能抗草甘膦这一种除草剂，并不能抗其它的除草剂，也并非能抗病虫害，又没有其它竞争优势，转基因大豆成为杂草的可能和传统大豆没有区别。大豆在我国种植了几千年，并没有形成严重的杂草。同时能抗除草剂的作物又远不限于转基因大豆。